Les hubs

L’infrastructure France Life Imaging regroupe 10 hubs régionaux et un hub transverse, de qualité scientifique et technologique reconnue et engagés dans une démarche partenariale.

Pour remplir sa mission de coordination nationale des plateformes nationales d’imagerie in vivo pour la recherche biomédicale, FLI est ouvert à l’élargissement du réseau aux plateformes de taille significative selon deux modalités :

    • si la plateforme est proche géographiquement d’un hub, elle peut intégrer ce hub

    • si plusieurs plateformes au sein d’une même région et/ou de régions connexes, constituent un ensemble cohérent labellisé par ailleurs, elles peuvent constituer un nouveau hub régional de plateformes d’imagerie.

Selon le cas de figure, FLI propose deux procédures , toutes deux téléchargeables :

1

Paris Sud

Coordinateur  :Sébastien JAN
Chargé.e de mission / Structure administrative :CEA/ Institut Frédéric Joliot & Université Paris-Saclay

Présentation

Intégré au Campus Paris-Saclay, le hub Paris-Sud regroupe plus de 200 chercheurs et techniciens répartis dans trois unités de recherche en imagerie biomédicale (UMR BioMaps hébergée au CEA/SHFJ, UMR Baobab hébergée au CEA/NeuroSpinet UMR 8165) localisées à Orsay, Saclay,Villejuif et au Kremlin-Bicêtre. Le nœud regroupe des expertises méthodologiques de 1er plan dans les principales modalités de l’imagerie médicale : l’IRM, l’imagerie nucléaire (instrumentation TEP et radiomarquage de molécules) les ultrasons et l’imagerie optique. L’expertise en simulation numérique, entraitement d’images et en modélisation compartimentale complète ces savoir-faire. La principale spécificité du nœud Paris Sud est la forte implication de la communauté de la physique, du fait de sa localisation au cœur d’un écosystème Physique / Technologie unique (campus d’Orsay / Centre de recherche de Saclay). Le transfert à la clinique porte principalement sur les maladies du cerveau (neurologie, psychiatrie) et l’oncologie, en lien avec les CHU du sud de Paris.

Le nœud offre un environnement exceptionnel de plates-formes d’imagerie comprenant des techniques avancées en imagerie nucléaire (TEP-IRM, TEP cérébrale haute résolution), en IRM (systèmes uniques au monde 17T préclinique et 11,7T clinique à venir), en imagerie ultrasonore (échographie ultrarapide) et en imagerie optique (biphotonique), complétées par la MEG et l’EEG.

Expertises et savoir-faire principaux en imagerie

Les expertises du nœud couvrent :

  • L’IRM à très haut champ magnétique, en particulier, mise au point d’une IRM in vivo à très haut champ pour la cartographie des fonctions cognitives à plusieurs échelles (microscopique, mésoscopique et macroscopique);
  • Le développement de médicaments radiopharmaceutiques pour la TEP;
  • Le traitement du signal et des images avec la simulation numérique, la reconstruction tomographique, le traitement d’images multi-modalités et l’analyse statistique. Ce volet associe la plupart des laboratoires spécialisés en imagerie associés à l’Université Paris Saclay;
  • un environnement multidisciplinaire regroupant la physique, les mathématiques et l’ingénierie, propice au développement de la médecine de demain avec une sensibilité et une spécificité accrues et un accès au patient facilité;
  • les études de population, menées en particulier dans le cadre du programme CATI (neuro-imagerie par IRM et TEP), intégré à la constitution d’une grande cohorte de sujets recrutés sur la base de critères de plainte cognitive et également au programme européen « Human Brain Project »;
  • L’analyse anatomo-pathologique per opératoire basée sur la microscopie bi-photonique.

Plateformes d’imagerie précliniques et cliniques / responsables :

  • Imagerie moléculaire et multi-modale : Service Hospitalier Frédéric Joliot SHFJ – Vincent Lebon
  • Imagerie préclinique par ultrasons : Gustave Roussy – Nathalie Lassau
  • Imagerie optique préclinique : Gustave Roussy – Corinne Laplace-Builhé
  • Imagerie bi-photons : IJCLab, pole physique-Santé– Darine Abi Haidar

Laboratoires du hub: 

2

Paris Centre

Coordinateur :Philippe Garteiser 
Chargé de mission :Ubaldo Bravo
Structure coordinatrice locale :Université Paris Cité

Présentation

Le hub Paris Centre est constitué de 4 centres de recherches majeurs intégrés à l’université de Paris et à Sorbonne Université, tous situés dans l’environnement des hôpitaux universitaires (HEGP, Sainte-Anne, Cochin, Bichat-Beaujon, Pitié-Salpêtrière). Cette proximité facilite le développement d’une recherche de transfert orientée vers le soin du patient. Celle-ci s’appuie sur une expertise en imagerie multimodale des équipes (IRM, TEP, TEMP, US, Optique, CT, MEG-EEG, RPE, élastographie par Résonance Magnétique et Ultrasons) et elle intègre plusieurs niveaux depuis la recherche fondamentale en neurosciences cognitives et la méthodologie en imagerie biomédicale jusqu’à l’imagerie in vivo du petit animal, la recherche clinique et le diagnostic et suivi thérapeutique des patients.

Expertises et savoir-faire principaux en imagerie valorisés dans le cadre de l’activité scientifique de FLI

Les biomarqueurs d’imagerie sont au cœur des recherches du nœud Paris Centre, l’objectif étant de mettre au point des outils efficaces pour le diagnostic et pour l’évaluation du pronostic et de la réponse aux traitements. Les équipes de recherche se focalisent principalement sur des pathologies telles que le cancer, l’inflammation, l’infection et les maladies neurodégénératives, et axent leur travaux plus particulièrement sur le foie, le cerveau, les muscles squelettiques et le système cardiovasculaire. Les biomarqueurs développés exploitent l’imagerie structurelle, fonctionnelle, cellulaire et moléculaire. Un accent particulier est mis sur le développement et la validation de nouveaux agents de contraste pour l’imagerie moléculaire (axe biochimique) et de méthodes innovantes d’imagerie fonctionnelle.

Laboratoires du hub : 

Plateformes  précliniques et cliniques / responsables

Imagerie du petit animal :

  • Plateforme d’imagerie du petit animal PIV de l’université de Paris, comprenant 4 sites de l’HeGP, Cochin, Cordeliers, Pharma Descartes, dirigée par Bertrand Tavitian
  • Plateforme FRIM de l’université de Paris, dirigée par François Rouzet 

Neurosciences intégratives, cognitives et cliniques :

Maladies neuromusculaires :

Imagerie biologique de l’Institut Pasteur :

3

Bordeaux

Coordinateur :Pr Vincent Dousset
Structure administrative :Université de Bordeaux
Cheffe de Projet :Anne Thevenoux

Présentation

L’Institut de Bio-Imagerie (IBIO) de Bordeaux est une structure fédérative portée par l’Université de Bordeaux en partenariat avec le CNRS et le CHU de Bordeaux. Ce projet a permis la mise en place d’une infrastructure technologique destinée à l’étude du vivant à l’aide de matériel d’imagerie in vivo. Elle a été créée en 2011 pour soutenir les projets de recherche en imagerie, que ces derniers soient le fruit d’équipes académiques ou industrielles, d’Aquitaine ou d’ailleurs, spécialisées ou non en imagerie. Elle est la plateforme du nœud bordelais de France Life Imaging (FLI). La plateforme permet de mutualiser des moyens financiers, humains, administratifs, techniques au profit d’objectifs communs. L’équipe de coordination de la plateforme, soutenue par ces tutelles, est composée d’un coordonnateur, d’un responsable financier et d’ingénieurs experts dédiés aux différents équipements mis à disposition. Cette équipe est à l’écoute de tous ceux qui en font la demande pour tout renseignement concernant les moyens mis à disposition ainsi que les moyens environnants.

Expertises et savoir-faire principaux en imagerie valorisés dans le cadre de l’activité scientifique de FLI

L’activité de recherche du nœud est menée au travers de projets rattachés aux différents WP de l’infrastructure France Life Imaging :

  • Agents de contraste en IRM,
  • Radiotraceurs pour l’imagerie moléculaire
  • marqueurs biologiques;
  • polarisation nucléaire dynamique;
  • HIFU guidé par l’imagerie et imagerie interventionnelle;
  • Simulation mathématique et modélisation

Savoir faire :

La plateforme d’imagerie propose ses services à différents niveaux des projets. En effet, les experts imageurs de l’UMS dans les différentes modalités d’imagerie peuvent contribuer à l‘écriture des procédures d’imagerie, la construction des modèles incluant la création d’outils ad hoc (synthèse de polypeptides, culture cellulaire, animalerie, collaboration avec autres plateformes de l’Université de Bordeaux et du CHU), la réalisation des images, leur traitement et post-traitement et les analyses biologiques (immunohistologie ; immunocytologie ; dosages biochimiques).

Laboratoires du nœud :

PTIB, UMR INCIA, UMR RMSB, Centre de recherche radio thoracique de Bordeaux, Inserm U1049, UMR 5255, LABRI

Plateformes précliniques et cliniques / responsables scientifiques :

Plateforme de bio-imagerie :

4

Grenoble

Coordinateur :Daniel Fagret
Structure administrative :Université Grenoble Alpes
Chef de Projet :Samira Hafraoui

Présentation

La plateforme d’« Imagerie des Sciences du Vivant de Grenoble » est dédiée à la recherche en imagerie préclinique et clinique. Elle réunit plus de 120 chercheurs permanents, 77 doctorants et chercheurs postdoctoraux, chimistes, physiciens, ingénieurs, technologues, biologistes, pharmaciens et médecins. Son objectif est de développer, de manière harmonieuse et cohérente, les outils, équipements et méthodologies, les plus pertinents pour l’exploration in vivo des processus physiopathologiques dans des modèles animaux et chez l’humain. Les performances de ces systèmes dépassent celles des systèmes commerciaux. Les équipements et les expertises associées sont accessibles à la communauté scientifique académique et industrielle.

Expertises et savoir-faire principaux en imagerie valorisés dans le cadre de l’activité scientifique de FLI

La recherche méthodologique porte sur (i) les nouveaux équipements optiques, l’imagerie par rayons X et les détecteurs nucléaires, (ii) les nouveaux agents d’imagerie optique et nucléaire, (iii) la microscopie intra-vitale, (iv) la neurophysiologie, (v) l’imagerie de perfusion par IRM, (vi) la radiothérapie stéréotaxique guidée par l’imagerie tomographique. La combinaison de ces expertises scientifiques, technologiques et appliquées permet une cohérence à plus grande échelle en imagerie multimodale intégrée pour les nouvelles solutions d’imagerie moléculaire in vivo.

Plateformes précliniques et cliniques / responsables scientifiques

Le hub comporte 6 plateformes d’imagerie principales :

Laboratoires de recherche associés

U1039, https://lrb.univ-grenoble-alpes.fr; U1209, https://iab.univ-grenoble-alpes.fr; https://www.imagerie-optimal.fr, U1216 (équipe 5), https://neurosciences.univ-grenoble-alpes.fr; https://irmage.univ-grenoble-alpes.fr; U1205, CLINATEC, https://www.clinatec.fr ; UMR 5250, https://dcm.univ-grenoble-alpes.fr, TIMC UMR5525 (équipe SyNaBi), https://www.timc.fr/SyNaBi,  INSERM UA7, https://strobe.univ-grenoble-alpes.fr

5

Lyon

Coordinateur :Pr Philippe Douek
Chargée de mission :Dr Alison Carret
Structure administrative :Université Claude Bernard Lyon I

Présentation

Historiquement, le hub était géographiquement dans la région lyonnaise, mais elle s’est agrandie, depuis début 2025, pour accueillir la plateforme d’imagerie In Vivo Imaging Auvergne (IVIA) localisée dans la région Clermontoise.

Sous la tutelle de l’Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), le hub de Lyon s’appuie sur un environnement de renommée internationale en termes de recherche biomédicale et technologique en imagerie médicale diagnostique et thérapeutique. La recherche en imagerie s’articule principalement autour des plate-formes d’imagerie multimodale comprenant des équipements installés au CERMEP sur le campus médical Lyon-Est, à CREATIS sur le campus scientifique et technologique UCBL / INSA, ainsi qu’à Clermont-Ferrand avec la plateforme IVIA. Le CERMEP disposant du label IBISA et IVIA est labelisée IBISA depuis 2018. Ce noeud propose à la communauté scientifique un large éventail de services basés sur son parc d’équipement et un environnement clinique exceptionnel, complété par une école nationale vétérinaire, VetAgroSup, hébergeant un centre de recherche sous contrat privé.

Les plates-formes d’imagerie localisé à Lyon intègrent plusieurs équipements innovants:

  • Un scanner à comptage de photons, SPCCT, pour la recherche chez l’humain, unique en France,
  • L’un des quatre scanners TEP-IRM humains installés en France, financé par un EquipEx II et l’IHU CESAME,
  • Des équipements d’Ultrasons focalisés de haute intensité (HiFU) développés dans le labTau pour la thérapie guidée par IRM au niveau de la prostate, du foie, des reins et du cœur,
  • Un des 5 MEG disponibles en France.

IVIA cible son expertise en alimentation et nutrition, neurosciences, santé cardiovasculaire et oncologie. IVIA est adossée l’Université Clermont Auvergne (UCA), bénéficiant de la structure d’appui aux plateformes UCA Partner (Président : Pr Jean-Michel Chezal). C’est une plateforme multisites composé de 4 entités, chacune spécialisée dans une modalité d’imagerie in vivo.

  • Trois entités sont localisées à Clermont-Ferrand :
    – la plateforme IRM 3T du CHU Gabriel Montpied dédiée à l’homme
    – la plateforme d’imagerie multimodale IMoST dédiée au petit animal. Elle rassemble des équipements fondés sur différentes sources de rayonnement ; TEP, TDM, optique, multi-sources TEMP-TDM. Le site dispose également des moyens nécessaires à la mise en oeuvre de telles études, en particulier les dispositifs de synthèse et de radiomarquage d’une large gamme de traceurs isotopiques radioactifs utilisables en imagerie.
    – le laboratoire expérimental de cathétérisme (LCE) du département de thérapie guidée par image de l’Institut Pascal. Cette entité est reconnue comme l’une des rares plateformes nationales en radiologie interventionnelle dédiée à l’angiographie des animaux de taille moyenne combinant l’échographie et la TDM.
  • La dernière entité est localisée sur le site INRAE de Theix à 15km environ de Clermont-Ferrand :
    – la plateforme AgroResonance. Elle dispose notamment d’une IRM à haut champ, le premier dispositif 11,7 T installé en France. Ce système horizontal, spécialement dédié aux investigations dans des modèles murins, mesure des signatures métaboliques et fonctionnelles sur différents noyaux avec un haut niveau de sensibilité.

En outre, le nœud possède des cohortes de patient·es bien caractérisées en neurologie (Centre de recherche en neurosciences de Lyon, Institut de recherche sur les cellules souches et le cerveau, Centre de neurosciences cognitives, CREATIS, unité de recherche sur les accidents vasculaires cérébraux), en cardiologie (CarMeN) et une expertise dédiée en échocardiographie.

L’activité de recherche menée dans les laboratoires adossés aux plateformes du hub est focalisée selon 5 grands axes :

  • Le développement et la validation d’agents d’imagerie dédiés pour l’imagerie X multispectrale (SPCCT) pour des applications en neurologie, dans le domaine cardiovasculaire et en oncologie ;
  • Des développements méthodologiques pour l’IRM et la spectroscopie RMN
  • Imagerie multimodale IRM et Optique intra vitale
  • Modélisation numérique,
  • Analyse de données ; une partie des développements a une contribution importante à l’infrastructure logicielle du nœud IAM (environnement de traitement d’images VIP développé au sein de CREATIS).

Plateformes d’imagerie précliniques et cliniques / responsables scientifiques

Imagerie multi modale et moléculaire, TEP, TEP-IRM, IRM, SPCCT : CERMEP – Luc Zimmer

Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l’Image pour la Santé: CREATIS– Platerforme PiLoT – Olivier Beuf

Laboratoire des applications Thérapeutiques des Ultrasons : LabTAU (U 1032 INSERM – UCBL) – Cyril Lafon

Plateforme RMN pour l’agronomie, l’agro-alimentaire et la nutrition : AgroResonance – Jean-Marie Bonny (Responsable régional Auvergne) – Guilhem Pagés (Responsable de la plateforme) et Leslie Mazuel (Coordinatrice)

Laboratoires de recherche associés au hub

Lyon :

Laboratoire de recherche en cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition : CarMeN – Hubert Vidal

Centre de lutte contre le cancer et Hospices Civils de Lyon (HCL) : Anne Metzinger

Clermont-Ferrand : 

UMR 1240 INSERM/UCA, dirigé par la Pr Elisabeth Miot-Noirault

UR370 QuaPA INRAE  dirigée par le Dr Pierre-Sylvain Mirade.

Service de radiologie du CHU Gabriel-Montpied, dirigé par le Pr. P. Chabrot,

Liens utiles : CREATIS, Inserm U1032, IPNL, Inserm U1060, CNRL BIORAN, CNRL CMO, LAGEP, Agroresonance,

Page dédiée : Linkedin France Life Imaging – Lyon

6

Marseille

Coordinatrice :Monique Bernard, DR CNRS, DU UMR 7339
Chargée de mission :Colette Gomis-Mansaly
Structure administrative :Université Aix-Marseille

Présentation

Le hub de Marseille est un réseau multidisciplinaire doté d’équipements d’imagerie de haute technologie pour la recherche en imagerie et ses applications dans les modèles animaux et chez l’homme. L’imagerie préclinique et clinique bénéficie des relations étroites entre d’une part, les spécialistes de l’instrumentation, la chimie et le traitement d’images, et d’autre part, les biologistes et la recherche clinique. Cette recherche a largement bénéficié du soutien financier des Investissements d’avenir (Infrastructure, Equipex, AMIDEX), de l’ANR, des fondations (Fondation James S McDonnell, ARSEP, AFM, etc.) et des contrats européens (M-CUBE FET-Open, IMI pharma-Cog, ERC-Gaba Networks, Neuropioneer BrainScale, Human Brain Project, Envision, Entervision, Marie Curie, ENDOTOFPET).

Au total, le Nœud de Marseille rassemble 200 ETP, dont 100 chercheurs permanents, ingénieurs et cliniciens, dédiés au développement de l’imagerie in vivo et de ses applications, en partie avec des partenaires internationaux prestigieux.

Le réseau offre un accès à des équipements innovants pour

  • L’IRM (sur la plateforme IBISA MR de l’UMR 7339 CRMBM / CEMEREM et à l’INT),
  • L’imagerie nucléaire et les rayons X (au CERIMED, au CPPM),
  • L’optique et la biophotonique (à l’Institut Fresnel, à l’INT, à l’INMED).

Le parc des équipements pour la recherche biomédicale comprend 3 scanners IRM préclinique (4,7T, 7T, 11,75T), 3 systèmes d’IRM multi-organes dédiés à la recherche clinique (1,5T, 3T, 7T), 1 IRM 3T pour la neuro-imagerie préclinique et clinique, 1 TEP-CT et 1 SPECT-CT pour la recherche clinique, 1 TEP-CT et un SPECT-CT pré-clinique, 1 échographe préclinique, 1 MEG, 1 microscope bi-photonique, 1 imageur de bio-fluorescence, 1 système d’endoscopie optique non linéaire, un dispositif de microscope optique non linéaire, 1 imageur Raman, 1 scanner spectral pré-clinique SPCCT.

Les principaux thèmes de recherche se concentrent sur

  • Le développement de systèmes optiques avancés innovants pour l’imagerie cérébrale profonde in vivo et l’étude de l’organisation de la myéline de la moelle épinière à l’aide d’une imagerie Raman cohérente
  • L’IRM à ultra-haut champ (7T) pour l’imagerie cérébrale, musculaire et ostéo-articulaire, bobines de radiofréquences avec nouveaux matériaux.
  • Le développement de l’imagerie du sodium, pour la détection précoce de pathologies
  • IRM neuro-fonctionnelle préclinique et clinique
  • L’acquisition simultanée des signaux MEG, EEG et SEEG)
  • La mise au point d’un scanner spectral à rayons X par le centre de physique des particules de Marseille. Ce système est basé sur un nouveau détecteur hybride pixel permettant l’imagerie du « k-edge » de nanoparticules de gadolinium et d’or. Ce système permettra une réduction de la dose de rayons X recu par le sujet et une imagerie moléculaire grâce à l’incorporation de traceurs marqués au gadolinium ou à l’or au sujet. Ce système est installé chez CERIMED depuis fin 2018 pour validation.

Laboratoires du hub

CRMBM, CERIMED, Institut Fresnel, INMED, CPPM, INT, LIS

Plateformes précliniques et cliniques / responsables scientifiques

Centre de Résonance Magnétique Biologique et Médicale/exploration métabolique par résonance magnétique : CRMBM/CEMEREM UMR7339,  Monique Bernard

Centre européen de recherche en imagerie médicale/imagerie moléculaire multimodale : Cerimed,  Benjamin Guillet

Institut de Neurosciences de la Timone/IRMf, optique : INT UMR 7289, Directeur Guillaume Masson, Responsable IRMf, Jean-Luc Anton, responsable imagerie optique, Ivo Vanzetta

Institut de Neuroscience des systèmes/Magnétoencéphalographie : INS UMR 1106, Directeur Viktor Jirsa, MEG lab – Jean-Michel Badier

Institut Fresnel/ Optique, Photonique, Électromagnétisme et Traitement des Signaux et des Images, UMR 7249: Directrice Sophie Brasselet,  responsable optique, photonique, Hervé Rigneault

7

Grand Est

Coordinateur :Jacques Felblinger
Chargée de mission :Barbara Fischer
Structures administratives :Université de Lorraine (UL) & Université de Strasbourg (UNISTRA)

Présentation

Le hub Grand Est de FLI est l’un des trois hubs intégrés à l’infrastructure le 1er Juin 2020.

Il comporte cinq plateformes d’imagerie principales avec des modalités d’imagerie in vivo disponibles et ouvertes à la communauté des chercheurs :

Ouverts à la recherche partenariale académique et industrielle, les équipements d’imagerie couvrent le spectre des modalités d’imagerie in vivo (IRM, nucléaire, ultrasons, rayons X et optique pour des applications humaines et animales). Le hub dispose de fortes compétences en instrumentation, en imagerie diagnostique et interventionnelle et en robotique. Ces plateformes d’imagerie in vivo sont complétées par une très forte expertise en gestion de données, en traitement de l’information et en navigation 3D au sein du laboratoire ICube à Strasbourg, du LORIA-INRIA et du CRAN à Nancy.

Il s’y ajoute, une expertise reconnue dans l’ingénierie du radio-marquage de molécules pour l’imagerie moléculaire associée à la production de radio-isotopes émetteurs de positons à brève et longue demi-vie pour les applications diagnostiques et théranostiques. Celle-ci est complétée par un savoir-faire dans le domaine de l’irradiation par faisceaux de protons.

Expertises et savoir-faire principaux en imagerie valorisés dans le cadre de l’activité scientifique de FLI

Le hub Grand Est possède une expertise qui couvre des champs très vastes :

  • L’IRM fonctionnelle et la reconstruction temps réel des images, le suivi des mouvements,
  • L’imagerie du conduit vocal,
  • La modélisation vasculaire et la modélisation des organes déformables pour les procédures interventionnelles,
  • La navigation 3D dans les images pour le guidage des interventions,
  • La nanobiophotonique et les nanoparticules multifonctionnelles,
  • L’imagerie optique large champ, quantitative, temps réel, de fluorescence et microscopique,
  • La recherche translationnelle en optique biomédicale (spectro-imagerie optique) et l’imagerie panoramique multimodale (cartographie d’oxygénation),
  • L’imagerie X, la bioluminescence et la tomographie,
  • Les HiFUs et l’imagerie interventionnelle,
  • Le développement de molécules marquées par des émetteurs de positons pour l’imagerie moléculaire,
  • Le traitement des images et des données : Recalage 2D et 3D, segmentation, reconstruction, navigation 3D, extraction de caractéristiques, classification,
  • L’imagerie cérébrale.

Plateformes d’imagerie précliniques et cliniques / responsables scientifiques :

Laboratoires de recherche adossés aux plateformes

  • Le Laboratoire d’Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle : IADI, INSERM U1254 à Nancy,
  • Le Centre de Recherche en Automatique : CRAN, UMR 7039 à Nancy,
  • Nancyclotep à Nancy,
  • Le Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications : LORIA, UMR 7503 à Nancy,
  • Le Laboratoire des sciences de l’ingénieur, de l’informatique et de l’imagerie : ICube, UMR 7357 à Strasbourg,
  • Le Département de Radiobiologie, Hadronthérapie et Imagerie : DRHIM de l’IPHC (Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien) à Strasbourg.
8

Occitan

Coordinatrice :Pr Isabelle BERRY
Chargé de mission :Hugues CAZETTE
Structures administratives :Université de Toulouse & Université de Montpellier

Présentation

Le hub Occitan a rejoint l’infrastructure FLI au 1 juin 2020 en simultané de 2 autres hubs.

Il réunit 5 plateformes d’imagerie réparties entre les cités de Toulouse et Montpellier, avec une tutelle répartie entre l’Université de Toulouse Paul Sabatier III et l’Université de Montpellier.

Ouverts à la recherche partenariale académique et industrielle, les équipements d’imagerie couvrent le spectre des modalités d’imagerie in vivo (IRM, nucléaire, ultrasons, rayons X et optique pour des applications humaines et animales).

Concernant la recherche en imagerie pré-clinique, nous travaillons à Toulouse avec des équipements d’imagerie TEP-TDM (NanoScan Mediso), IRM 7T (IRM /SRM Pharmascan Biospec 7T Bruker), ultrasons ultra-rapides (Vevo2100, Visualsonics) et échoélastographe (Aixplorer Supersonic Imagine) sur le plateau d’exploration non-invasive du CREFRE-Anexplo (Centre Régional d’Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales), sur le site de l’Oncopole et de l’hôpital Rangueil.

A Montpellier, la plateforme IPAM (Imagerie du Petit Animal Montpellier) de l’UAR BioCampus est équipée d’un système d’imagerie ultrasonore haute résolution (vevo 3100, visualsonics) et un système d’imagerie photo-acoustique de haute résolution (vevo LAZR-X, visualsonics) sur le site de l’unité PhyMedExp. A cela s’ajoute un système d’imagerie nano SPECT-CT (Mediso) et des systèmes d’imagerie optique de bioluminescence et fluorescence 2D (Ivis Lumina II), sur le plateau technique de l’IRCM (Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier). Sur le site de l’Université, la plateforme BNIF (BioNanoImaging Foundry) complète l’offre d’imagerie avec une IRM 9,4T, deux IRM 3T à aimants verticaux et horizontaux, ainsi qu’un Micro-CT. Elle possède également un système TEP-TDM (Médiso), là aussi sur le plateau technique de l’IRCM.

Pour l’imagerie clinique, nous retrouvons dans les deux cités des plateformes dédiées à la recherche. A Montpellier, la plateforme i2fh, située au CHU Gui de Chauliac, est dotée d’une IRM 3T (PRISMA Siemens) et pour Toulouse, dans les locaux du plateau IRM de l’UMR ToNIC (Toulouse NeuroImaging Center) au CHU Purpan, avec une IRM 3T (Philips). Cette dernière a la particularité d’également avoir une activité en recherche pré-clinique, en imagerie sur gros animal.

Expertises et savoir-faire principaux en imagerie valorisés dans le cadre de l’activité scientifique de FLI

L’expertise scientifique associée aux systèmes d’imagerie in vivo préclinique est principalement focalisée sur le suivi non invasif et longitudinal de la progression des cancers, pour tester l’effet à long terme de nouveaux médicaments et de nouvelles cibles thérapeutiques sur la plateforme IPAM/IRCM, mais également sur l’étude des grands systèmes physiologiques des organismes, IPAM/PhyMedExp (cardiologie, neurologie…). La plateforme BNIF dispose elle d’une expertise en imagerie pré-clinique sur des modèles animaux mais également végétaux, avec une possibilité d’exporter les équipements en plus des savoir-faire directement sur le terrain. En complément, le site de Toulouse, a développé des savoir-faire dans les domaines de l’oncologie, du métabolisme, du cardiovasculaire, de l’imagerie des infections, en imagerie pour les neurosciences.

Coté recherche clinique, le nœud Occitan dispose d’une expertise reconnue d’une expertise reconnue en neurosciences en particulier dans le domaine des biomarqueurs d’imagerie pour les pathologies cérébrales (syndrome parkinsonien, maladie d’Alzheimer, Sclérose en plaques, Psychiatrie) et en oncologie. Mais également de savoir-faire en exploration l’ensemble du corps humain chez les sujets sains ou dans un contexte clinique.

Plateformes d’imagerie précliniques et cliniques / Localisation/ responsables scientifiques :

BioNanoImaging Foundry, Université de Montpellier, Site du Triolet, Bâtiment 50

Responsable : Christophe Goze-Bac

https://bnif.umontpellier.fr

Le plateau IPAM-U1046 (échographie, doppler et photo-acoustique), site CHU Arnaud de Villeneuve.  Responsable : Pierre Sicard

Le plateau IPAM-IRCM (SPECT-CT et imagerie optique de bioluminescence/fluorescence), site Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier – U1194.  Responsable : Jean-Pierre Pouget

https://www.ipam.cnrs.fr

CREFRE-Anexplo (Centre régional d’exploration fonctionnelle et ressources expérimentales)

Plateau d’imagerie multimodale in vivo dédiée au petit animal, 2 sites : Oncopole & CHU Rangueil.   Responsable : Carine Pestourie

https://www.crefre-inserm.fr/exploration-non-invasive

Plateforme d’imagerie fonctionnelle du CHU Montpellier, CHU Gui de Chauliac.

Responsable : Emmanuelle Le Bars

https://www.chu-montpellier.fr/fr/plateformes-recherche/imagerie-fonctionnelle-i2fh

Plateau technique IRM Toulouse NeuroImagingCenter (ToNIC), Pavillon Baudot CHU Purpan.

Responsable : Hélène Gros-Dagnac/Nathalie Vayssière

https://tonic.inserm.fr/plateaux-techniques/irm/irm

Laboratoires de recherche adossés aux plateformes du nœud :

Laboratoire Coulomb Université Montpellier https://coulomb.umontpellier.fr/

ToNIC UMRS1214 Inserm UT3 https://tonic.inserm.fr/

UMR5549 CNRS UT3 CERCo https://cerco.cnrs.fr/les-equipes/plateau-irm/

UMRS 1037 Inserm UT3 https://www.univ-tlse3.fr/structures-de-recherche/umr-1037-centre-de-recherche-en-cancerologie-de-toulouse

IRCM U1194 https://www.ircm.fr/

Plateau Pi-R3 https://tonic.inserm.fr/plateaux-techniques/pi-r3-2/pi-r3/

9

Grand Ouest

Coordinateur :Jean-Christophe FERRE
Chargé.e de mission :Catherine Chapon
Structures administratives :Université de Rennes et Nantes Université

Présentation

Le hub Grand Ouest de FLI est l’un des trois hubs intégrés à l’infrastructure le 1er Juin 2020.

Il comporte quatre plateformes d’imagerie localisées à Rennes, Nantes, Angers et Brest, NeurInfo (Plate-forme d’Imagerie et de Neuro-Informatique), PRISM (Plate-forme de Recherche d’Imagerie et Spectroscopie Multi-modales), le CIMA (Centre d’Imagerie Multimodal Appliqué), PLaTIMed (Plateforme pour la conception et l’évaluation de dispositifs Médicaux à Brest). Membres du réseau Biogenouest, ces plateformes sont sous les tutelles de l’Université de Rennes, de Nantes Université, de l’Université d’Angers, d’INRAE et de l’Université Bretagne Occidentale. Les équipements d’imagerie ouverts à la recherche académique et industrielle couvrent le spectre des modalités d’imagerie in vivo à l’exception de l’imagerie optique. Il s’agit d’équipements à la pointe de l’état de l’art associés à des expertises spécifiques.

Pour la recherche préclinique, le hub dispose des équipements suivants :

–      une IRM à 7T située à Angers, une IRM à 4,7T située à Rennes, dédiées à l’imagerie et la spectroscopie du petit animal et une IRM à 1,5T située à Rennes, pour l’imagerie de l’animal moyen (modèle porc) ainsi que deux appareils RMN haute résolution sur la plateforme PRISM (https://www.pf-prism.org/les-equipements/).

–      des dispositifs d’imagerie nucléaire dédiés soit à l’animal moyen (porc miniature) 1 TEP-TDM, 1 TDM, et 2 gamma caméras sur la plateforme PRISM (https://www.pf-prism.org/les-equipements/) soit aux rongeurs de laboratoire avec un TEP-IRM, un TEP-TDM et un dispositif unique de TEP 3 photons au CIMA à Nantes (https://crci2na.univ-nantes.fr/en/research/cima). Les deux plateformes possèdent également des équipements de radiopharmacie pour la synthèse des molécules radiomarquées.

– des dispositifs de tomodensitométrie (https://platimed.fr/)

La recherche clinique s’appuie essentiellement sur l’IRM et les modèles computationnels mis en œuvre sur la plateforme NeurInfo (https://www.neurinfo.org/). Neurinfo est équipée d’un IRM 3T installé au CHU de Rennes.

Expertises et savoir-faire principaux en imagerie valorisés dans le cadre de l’activité scientifique de FLI

Fort de ces équipements, le nœud Grand Ouest dispose d’une expertise dans les domaines suivants :

  • La quantification de paramètres physiologiques et métaboliques (perfusion, concentration de molécules d’intérêt, composition corporelle, densité de récepteurs) et d’autres biomarqueurs (diffusion de l’eau, temps de relaxation, …) pour des applications précliniques en oncologie et en nutrition (plateforme PRISM),
  • L’imagerie moléculaire préclinique appliquée à l’immunologie et l’oncologie,
  • le traitement et l’analyse d’images dans le contexte de l’oncologie
  • la reconstruction d’images tomographiques
  • La neuroinformatique dans le contexte des maladies du système nerveux,
  • L’imagerie de population.

Plateformes d’imagerie précliniques et cliniques / responsables scientifiques :

Laboratoires de recherche adossés aux plateformes du nœud :

10

Nord Ouest

Coordinateur :Dr. Benoit Haelewyn
Chargé.e de mission :recrutement en cours
Structures administratives :Université de Caen, Université de Lille

Présentation

Le Hub Nord-Ouest est le nouveau hub de France Life Imaging (FLI), intégré à l’infrastructure le 1er janvier 2025. Il regroupe deux grandes plateformes d’imagerie multimodale labellisées IBISA :

Ces plateformes sont sous la tutelle de :

  • L’INSERM, l’Université de Lille, l’Institut Pasteur de Lille et le CHU de Lille pour LiiFE,
  • L’Inserm, le CNRS et l’Université de Caen pour Cyceron.

Les sites lillois et caennais proposent une intégration des modalités d’imagerie in vivo et des modèles expérimentaux permettant une meilleure compréhension de la physiologie et de la physiopathologie des maladies humaines, incluant la neurologie, la psychiatrie, l’oncologie et la cardiologie.

Des équipements de pointe pour la recherche préclinique et clinique

Le Hub Nord-Ouest met à disposition un parc d’imagerie multimodale avec des équipements à la pointe de la technologie :

À Lille :

Recherche clinique :

  • IRM 7T dédiée à la recherche (partagée avec le CHU d’Amiens)
  • IRM 3T
  • OCT Spectralis Heidelberg

Recherche préclinique :

  • µ-IRM 7T dédiée à l’imagerie du rongeur
  • µ-TEP-TDM dédiée à l’imagerie du rongeur
  • IRM 0.2T pour l’imagerie des gros animaux
  • Un plateau d’explorations fonctionnelles et comportementales

À Caen :

Recherche clinique :

  • IRM 3T + EEG IRM compatible
  • TEP-TDM

Recherche préclinique :

  • µ-IRM 7T
  • µ-IRM 7T-TEP avec cryosonde
  • 2 IRM 7T
  • TEP-TDM
  • µ-TEP-TDM dédiées à l’imagerie du rongeur
  • IRM 3T et TEP-TDM pour gros animaux
  • MPI (Magnetic Particle Imaging) pour souris (unique en France)
  • fUS pour petits et gros animaux
  • Angiographe X
  • Irradiateur X
  • Salle blanche pour la production d’agents radiopharmaceutiques

Une expertise en imagerie biomédicale

Le Hub Nord-Ouest propose une intégration avancée des modalités d’imagerie in vivo et des modèles expérimentaux pour améliorer la compréhension de la physiologie et des pathologies humaines.

Domaines d’expertise :

  • Développements de modèles expérimentaux
  • Imagerie multimodale innovante.
  • Production de radio-isotopes et chimie pour l’imagerie.
  • Expertise en imagerie cérébrale, cardiaque, oncologique et rétinienne.
  • Explorations fonctionnelles et comportementales.
  • Acquisition, harmonisation et traitement des images.
  • Intelligence artificielle appliquée à l’imagerie.
  • Valorisation scientifique et accompagnement de projets.

Plateformes d’imagerie précliniques et cliniques / Localisation / Responsables scientifiques :

Les plateformes sont ouvertes aux collaborations et prestations de recherche en imagerie avec des partenaires académiques et industriels.

Laboratoires de recherche adossés aux plateformes du nœud :

Lille : 

Caen :

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IAM « Analyse & Management de l’Information »

Coordinateur :Michel Dojat PhD, HDR
Chef de projet :Michael Kain
Structure coordinatrice :Inria

Présentation

Le hub « Information Analysis and Management », IAM (https://portal.fli-iam.irisa.fr/home), a pour mission de construire une infrastructure (matérielle et logicielle) accessible aux utilisateurs des plates-formes nationales d’imagerie in vivo, afin de faciliter l’ouverture et la réutilisation des données d’imagerie, de stocker, gérer et traiter de grands ensembles de données d’imagerie clinique et préclinique et de métadonnées associées.

Le hub rassemble les experts du traitement d’images médicales des laboratoires français des nœuds et hors nœuds, sous la tutelle de l’INRIA (Rennes), du CNRS (ICUBE, I3S, Creatis, CRMBM) du CEA (MIRCen) et de l’INSERM (Brest, Nancy, Grenoble). La coordination scientifique du nœud a été confiée à l’INRIA. Initialement coordonné par un tandem formé de Christian BARILLOT et de Michel DOJAT assisté de Michael KAIN, le hub IAM est coordonné par Michel DOJAT avec le soutien de Michael KAIN depuis la disparition de Christian BARILLOT en Juin 2020. Nous sommes reconnaissant envers notre collègue Christian du travail accompli, toutes ces années, de ses qualités de rassembleur et de sa vision.

La mise en œuvre du projet a suivi deux étapes. La première, de 2013 à 2018, était consacrée à la création d’une solution fédérée d’analyse d’images et de gestion de données assurant l’interopérabilité des solutions existantes hétérogènes et distribuées mettant en œuvre l’indexation brute et par méta-données (par exemple, au moyen de modèles sémantiques ou d’ontologies) de l’information. Quatre solutions nationales de gestion préexistantes à IAM ont été retenues : CATI (CEA, Paris-Sud), SHANOIR (INRIA, Rennes), MediBase (CNRS, Strasbourg) et Archimed (INSERM, Nancy). Trois solutions nationales existantes de traitement d’images et de gestion du flux de travail ont été initialement sélectionnées: VIP (CNRS, Lyon), MedInria (INRIA, Rennes) et BrainVisa (CEA, Paris-Saclay).

Le nœud IAM a mis en place un comité de pilotage pour définir les priorités d’action et les orientations du nœud. Un responsable technique (M. Kain) a supervisé les développements assurés par une équipe comprenant jusqu’à 15 ingénieurs logiciel répartis dans six centres différents. Afin de répondre de la manière la plus exhaustive possible, trois groupes de travail ont été mis en place :

  • Le premier traitait les problèmes d’interopérabilité, en particulier l’interopérabilité entre les solutions de référentiel de données.
  • Le second traitait les problèmes de traitement d’images afin de fournir des solutions polyvalentes pour l’informatique parallèle ou massive.
  • Le dernier travaillait sur le transfert de l’environnement et de l’expertise existant dans le domaine de l’imagerie clinique vers le secteur émergent de l’imagerie préclinique.

Depuis novembre 2020, l’industrialisation et l’exploitation de la plate-forme logicielle est confiée à un groupement momentané d’entreprises, sélectionné à l’issue d’un appel d’offre. Le contractant offre des services basés sur la plate-forme de gestion et de traitement de données développée par IAM et le déploiement de chaines de traitement sur des systèmes de calcul haute performance pour traiter des bases de données volumineuses.

Les équipes :

INSERM U650 LaTIM, Neuroimagerie Fonctionnelle et de Perfusion (GIN Equipe Barbier, U1260 INSERM UGA), CREATIS, Empenn (U746), IADI U947), CIC CIT IT801, LSIIT/ICUBE, ICM, MIRCen, CRMBM.

Accessibilité

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